水遁忍术是通过自身查克拉的性质变化，运用水的密度、冲击力、压力、形变等性质，伤害敌人（如水遁·水龙弹之术）；迷惑敌人（如水遁·雾隐之术）；束缚敌人（如水遁·水牢之术）等。水遁克火遁，但被土遁克。能够以降低温度的性质打败火，但很难穿破土。
和多彩多姿的形态变化相性较佳，变化成雾状以隐身或是变成大浪绊住脚步等，辅助的效果较高，但在某些忍者如鬼鲛和水月的使用下攻击力还是非常的显著。
水遁·水替身之术（C级）：液化身体躲避攻击。——桃地再不斩，旗木卡卡西等
水遁·水分身之术（C级）：与影分身类似，却只有本体10%的力量，但水分身在水中能力会提高。——桃地再不斩，旗木卡卡西，干柿鬼鲛
水遁·水牢之术（C级）：结印后单手插在水牢里，并把人困在水里。（注：手不能离开水牢，否则术会破。）——桃地再不斩，干柿鬼鲛。结印式：巳-未-午-卯-未-午
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