但是，由于莉莉斯开始自我修复，生长过快而无法控制。于是碇司令与冬月副司令乘坐联合国的远洋舰队开往南极，利用美军“尼米兹”航空母舰运载寻找到的“朗基努斯枪”回到本部，让绫波丽驾驶EVA零号机将朗基努斯枪刺入莉莉斯的体内，达到遏制其生长的目的。
此时葛城美里在自闭和失语中度过三年之后，突然开始讲话并且变得异常开朗乐观。
2004年，进行了EVA初号机启动实验，在幼小的真嗣面前，发生了事故。真嗣的母亲唯在实验中消失，拯救计划失败。
自从唯消失在初号机里的事件发生以后，没过多久碇源堂就决定转而实行《人类补完计划》。（在此之前，他的目标只是实行E计划而已）。
2005年，葛城美里和赤木律子在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识，之后加持和美里相识。没多久，加持和美里开始同居。在地下庹洞的上方，第3新东京市开始建设。
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